もしかしたらデフォルトでやり方があるかもしれませんが
ちょっとよく分からなかったので作ってみました。

・テストゲーム
ダウンロード

・スクリプト
Game_Interpreter
Game_Picture

・使い方
イベントコマンドにおいて
pic_change_opacity(ID, duration, opacity, wait_flag)
を実行してください。
IDはピクチャのID、
durationは透過度の変更にかけるフレーム数です。
この値が大きいほどゆっくり変更されます。
opacityは目標とする透過度の値（0 ～255）を指定してください。
wait_flagは変更している際にウエイトをさせるかを設定できます。
trueでウエイト、falseでウエイトをしません。

・使用例
画像